农村合作医疗的报销流程如下：
准备报销资料
门诊报销需要携带的资料包括：门诊发票、合作医疗证历本（或病历）。
住院报销需要携带的资料包括：合作医疗证、卡、户口本、门诊病历、出院小结、医疗费用原始收据、费用明细清单等。
特殊病种门诊报销需要携带的资料包括：二级及二级以上定点医疗机构出具的病历及相关检查报告资料以及《新农合特殊病种门诊治疗审批表》。
因意外伤害住院的，需要提交意外伤害引发的原因证明和医院的病案记录。
提交报销资料
将准备好的报销资料提交给村（社区）合作医疗联络员，由他们审核后上报至镇合作医疗联络员，最后由镇联络员送区农易办结报中心进行报销。
如果是在市内定点医疗机构就诊，可以直接在窗口刷卡报销。
在市外2级及以上的公立医院就诊，需要在出院后的3个月后，携带就医资料以及身份证、户口簿前往区服务中心报销。
审核与报销
村（社区）合作医疗联络员审核资料后，上报至镇合作医疗联络员，再由镇联络员送区农易办结报中心进行报销。
县级定点医疗机构合作医疗窗口初审核算人员受理医疗费用报销申请，对申请人提交的材料进行审查，并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》，签署核算意见。
乡镇定点医疗机构合作医疗窗口初审核算人员受理医疗费用报销申请，对申请人提交的材料进行审查，并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》，签署初审核算意见后，由复核人员或者乡镇专职审核员对初审项目和补偿金额进行审核，签署审核意见。
费用兑付由县级以下定点医疗机构合作医疗窗口兑付人员根据审核意见，向申请人支付应当报销的医药费用，并由申请人或者其代理人在《新型农村合作医疗住院补偿表》上签字。
注意事项
报销时限：门诊费用需要在次年3月31日前办理报销，逾期不再办理。
报销比例：不同级别的医疗机构报销比例不同，具体比例可参考相关政策规定。
异地就医：如果需要在外地住院治疗，需要开具转诊证明，并在当地社保局办理跨省就医手续。
通过以上步骤，您可以顺利完成农村合作医疗的报销流程。建议您在办理报销前，先咨询当地社保部门或医疗机构，以确保资料齐全、流程正确。