员工在扣税时，主要涉及以下几个方面：
个人所得税
工资薪金所得：员工每月工资薪金收入在扣除“五险一金”（基本养老保险金、医疗保险金、失业保险金、住房公积金）后，超过5000元的部分需要计算缴纳个人所得税。
应纳税所得额：计算公式为应纳税所得额=工资薪金收入-5000（免征额）-专项扣除（三险一金等）-专项附加扣除-其他依法确定的扣除。
税率和速算扣除数：根据应纳税所得额，适用3%至45%的超额累进税率，具体税率和速算扣除数见个人所得税税率表。
经济补偿金
一次性赔偿收益在本地去年员工平均收入3倍金额之内的一部分免税，超出部分需要计算征缴个人所得税。
其他收入
稿酬所得：因著作出版、发布而获得的个人所得。
其他个人所得：包括个体户的生产经营所得、对机关事业单位的经营承包、租赁经营所得、特许权服务费个人所得、贷款利息、股利分配、资产租用、资产出让、偶然所得等。
福利费用
单位发放的某些福利费用，如独生子女补贴、托儿补助费、市内交通费、书报费和洗理费等，如果超过规定标准，超出部分需要缴纳个人所得税。
专项附加扣除
包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等项目。
其他扣除
如捐赠等依法确定的其他扣除项目。
总结：
员工在扣税时，主要涉及个人所得税的计算，包括工资薪金所得、稿酬所得、其他个人所得等。此外，经济补偿金、福利费用、专项附加扣除和其他扣除项目也会影响最终的应纳税额。员工应仔细了解相关税收政策，确保合法合规地享受税收优惠。