客车在凌晨2点至5点停运的主要原因是为了防止疲劳驾驶和提高安全性。以下是具体原因：
防止疲劳驾驶：
夜间行驶容易导致驾驶员疲劳，增加交通事故的风险。大巴车上的乘客较多，一旦发生事故，后果严重。
提高安全性：
高速公路上车速快，没有红绿灯，驾驶条件较为单一，容易使驾驶员感到疲劳。凌晨时段，驾驶员可以在服务区休息，过了限制时间再上路。
符合法规要求：
根据《中华人民共和国道路交通安全法》，有规定要求公路客运车辆在凌晨2点至5点不得上高速，以避免疲劳驾驶。
照顾社会需求：
虽然夜间行驶的需求存在，但公交公司需要考虑运营效率和经济性。如果半夜乘客很少，对司机和公交公司而言不划算。
合理安排：
这一安排也考虑到了广大职工的上下班作业时间和人类的睡眠需要，既服务了社会，也让公交系统工作人员得到较好的休息。
因此，客车在凌晨2点至5点停运的规定是为了确保道路交通安全，同时平衡社会需求和运营效率