企业在计算应纳税所得额时，可以抵扣的损失主要包括以下几类：
投资损失：
例如股票投资亏损，可以用于减免税收。
就业损失补偿：
如裁员补偿，也可用于减免税收。
抵税定向捐赠：
企业支付的慈善捐赠等，可以用于减免税收。
折旧损失：
如设备折旧损失，可以用于减免税收。
研发费用抵扣：
企业投入的研发费用，如研发税收抵扣，可以用于减免税收。
社会保障费用：
如养老保险费，可以用于减免税收。
正常经营管理活动中的损失：
包括非货币资产销售、转让、变卖的损失，存货的正常损耗，固定资产和生物资产达到使用年限报废清理的损失，以及通过市场公平交易原则买卖金融产品发生的损失。
固定资产和存货的盘亏、毁损、报废损失：
包括自然灾害等不可抗力因素造成的损失。
担保损失：
如果担保与企业生产经营活动有关，并且因被担保人不能按期偿还债务而承担的连带责任，在追索无果的情况下，比照应收款项损失处理，可以在税前扣除。
需要注意的是，非正常损失，如管理不善导致的损失，其进项税额通常不能抵扣。然而，如果是自然灾害导致的非正常损失，进项税额可以抵扣。
以上信息基于最新的税法规定，具体操作时应以最新的税法和相关公告为准。