南京医保报销的疾病主要包括以下几类：
门诊特殊病种
恶性肿瘤
慢性肾衰竭门诊透析治疗
器官移植术后（含造血干细胞）抗排异治疗
再生障碍性贫血
系统性红斑狼疮
血友病
颅内良性肿瘤
骨髓纤维化
运动神经元病
慢性肾功能衰竭非透析治疗
肺结核
严重精神障碍
艾滋病
门诊慢性病
包含多种慢性病种，具体病种和待遇标准可参考相关表格。
住院治疗
包括辅助检查费、手术费、住院费用等，具体报销比例依据医院级别和患者年龄等因素有所不同。
门诊统筹
包括普通门诊费用，具体报销比例依据就诊地点（如村中心卫生室、镇卫生院、二级医院、三级医院）而异。
“两病”门诊用药保障
针对高血压和糖尿病患者，提供额外的门诊用药保障待遇。
大病保险
对于符合一定条件的医疗费用，大病保险会提供额外的补偿。
请注意，以上信息可能随政策更新而变化，建议直接咨询当地的社会保险管理机构或医保服务中心以获取最新信息