针对疫情下员工不肯复工的问题，企业可以采取以下措施：
提供必要防疫保护和劳动保护措施
企业应确保工作环境的安全卫生，提供必要的防疫用品，并妥善安排工作时间，以保障员工的健康安全。
劝导员工及时返岗
企业工会应及时向员工宣讲疫情防控政策要求和企业复工的重要性，主动劝导员工及时返岗。对于经劝导无效或以其他非正当理由拒绝返岗的员工，企业可依法处理。
协商处理无法复工期间的问题
企业可以要求员工提供相关证明材料，如村、居委会说明资料、政府发布的限行通知等，并与员工协商无法复工期间的处理方式。可能的处理方式包括优先安排年假、在家办公等，员工在此期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
按旷工处理无正当理由拒不复工的员工
对于无正当理由拒不复工且不提供任何材料的员工，企业应保持谨慎态度，先行与员工进行沟通确认清楚原因，并保留书面沟通文件。如沟通未果，企业可根据规章制度及《劳动合同法》的相关规定，按旷工方式进行处理，且可不向员工支付工资。根据《企业职工奖惩条例》第十八条，连续旷工时间超过十五天或一年内累计旷工时间超过三十天的，企业有权予以除名。
依法处理违反规定的员工
企业对于不符合复工规定但拒绝复工的员工，可以依据《劳动合同法》第三十九条的规定解除劳动合同。具体情形包括：在试用期间被证明不符合录用条件、严重违反用人单位的规章制度、严重失职等。
待岗安排
对于因疫情未及时返岗的员工，企业可以优先考虑安排职工年休假或待岗。待岗期间，企业应按照不低于本市最低工资标准的70%支付基本生活费。
在处理此类问题时，企业应确保合法合规，并尽可能通过协商解决问题，以维护劳动关系的稳定。同时，企业也应关注员工的心理健康，提供必要的支持。