食品加工公司需要办理的手续包括：
工商营业执照：
这是公司合法经营的基本证件，需要到当地工商局办理，包括核名和提交相关资料。
健康证：
食品加工厂的工作人员需要持有有效的健康证，以证明其健康状况适合从事食品生产工作。健康证由当地疾病预防控制中心办理。
食品流通许可证：
如果食品加工公司涉及食品的销售，则需要办理此证件。该证件由当地所属辖区的工商局办理。
食品生产加工作坊许可证：
针对具体的生产作坊，需要办理相应的许可证，以证明其生产条件符合食品安全要求。
食品生产许可证：
这是证明企业具备生产食品条件和能力的凭证，需要向当地食药监局（或市场监管局）申请。
税务登记证：
自领取营业执照之日起30日内，需要向当地税务局申请领取地税税务登记号。
组织机构代码证：
虽然《公司法》中未提及，但在实际操作中，食品加工厂可能还需要办理组织机构代码证。
ISO9001国际质量管理体系及HACCP食品安全管理体系认证：
一般管理良好的企业还需通过ISO9001认证及HACCP认证，以提升食品安全管理水平。
环评批复：
新开工的食品加工项目需要经过环境影响评估，并获得国家环境主管部门的批准。
消防相关手续：
根据具体生产经营规模，可能还需要办理消防相关的手续和许可证。
综上所述，食品加工公司需要办理的手续较为繁琐，建议提前规划并咨询当地相关部门，确保按照法规要求准备齐全所有必需的文件和证件。